SOP buvo pradėtos formuoti 1995 metais, o 2008-aisiais balandžio pradžioje tapo ketvirtąja Lietuvos kariuomenės pajėgų rūšimi.
„Laisvės kovotojų naudotos taktikos ir kovos metodai atspindi daugelį šiuolaikinių specialiųjų operacijų principų ir elementų, todėl Vyčio kryžiaus simbolis, kuris anuomet suvienijo Lietuvos laisvės kovų sąjūdį, šiandien tapo mūsų pajėgas vienijančiu ir motyvuojančiu ženklu,“ – pranešime teigė pajėgų vadas pulkininkas Mindaugas Mažonas.
SOP pagrindinės užduotys yra specialioji žvalgyba, tiesioginiai veiksmai ir karinė parama.