R.Bernotas karjerą Užsienio reikalų ministerijoje (URM) pradėjo 1991 metais. Jis yra vadovavęs Azijos šalių skyriui, Vakarų Europos šalių skyriui, yra ėjęs užsienio reikalų ministro pavaduotojo, patarėjo, ministerijos sekretoriaus ir viceministro pareigas, dirbo Lietuvos ambasadoje Italijoje.
1999–2003 metais R.Bernotas ėjo ambasadoriaus Europos Taryboje pareigas, 2003–2006 metais vadovavo URM Daugiašalių santykių departamentui. 2006–2010 metais R.Bernotas atstovavo Lietuvai Kinijoje, 2010–2014 metais – Kazachstane. Nuo 2014-ųjų R.Bernotas – Lietuvos užsienio reikalų ministerijos ambasadorius ypatingiems pavedimams.
Ambasadorius skiria ir atšaukia prezidentas Vyriausybės teikimu bei Seimo Užsienio reikalų komiteto pritarimu.