Byloje buvusiam kariuomenės vadui pateikti kaltinimai dėl piktnaudžiavimo, dokumentų klastojimo ir sukčiavimo, o karo medikui, tuometiniam Karo medicinos tarnybos vado pavaduotojui Šarūnui Ratkui – dėl piktnaudžiavimo, dokumentų klastojimo ir padėjimo sukčiauti. Medikas kaltės irgi nepripažįsta.
Apklausos metu V.Rupšio advokatas Arūnas Petrauskas pasiteiravo savo kliento, ar po apsilankymų Žalgirio klinikoje, kur jį nusiuntė Karo medicinos tarnyba (KMT), kaltinamasis matė kokias nors sąskaitas, jei nematė, ar domėjosi, kodėl.