Autoimuninės ligos išsivysto dėl genetinių ir aplinkos veiksnių (infekcijos, cheminės medžiagos, saulės spindulių poveikis) derinio. Stresas taip pat gali prisidėti prie ligos išsivystymo žmonėms, turintiems genetinį polinkį. Moterys autoimuninėmis ligomis serga dažniau nei vyrai, tikėtina, dėl hormoninių veiksnių.
Yra daugiau nei 80 rūšių autoimuninių ligų. Jos gali paveikti beveik bet kurią kūno dalį. Pavyzdžiui, židininė alopecija (alopecija areata) – tai odos autoimuninė liga, sukelianti plaukų slinkimą. Autoimuninis hepatitas paveikia kepenis. Sergant 1 tipo diabetu, imuninė sistema puola kasą. O sergant reumatoidiniu artritu, imuninė sistema gali pulti įvairias kūno dalis – sąnarius, plaučius ir akis.